Het hoofdorgel is in eerste instantie gebouwd door Roelof Barentszn. Duyschot en voltooid door zijn zoon Johannes Duyschot. Het werd op 26 december 1686 opgeleverd. In 1727 werd het orgel door Christian Vater, leerling van Arp Schnitger, uitgebreid met een derde klavier, het Bovenwerk. Vervolgens is het orgel meermaals aangepast naar de wensen van de tijd. Noemenswaardig zijn hierin de twee grootscheepse ombouwen die plaatsvonden in 1895 en 1939. In 1895 herbouwde de firma Steenkuyl het orgel drastisch. Het instrument werd voorzien van een intern barker-systeem met gebruikmaking van de oude windladen en veel oud pijpwerk werd vervangen. In 1939 volgde de genadeklap voor dit instrument. De firma’s Verweys, Strunk en Sanders vernieuwden de windvoorziening, elektrificeerde de tractuur, plaatsten een nieuwe speeltafel en voegden een 4e klavier toe. De daarop volgende jaren kenmerkten zich door problematisch falen van de tractuur. Tevens was het orgel dusdanig vol gebouwd dat onderhoud eigenlijk onmogelijk was.

Tussen 1989 en 1992 herbouwde Flentrop Orgelbouw uit Zaandam het orgel. Het oude pijpwerk uit 1686 en 1727 was het uitgangspunt bij de herbouw, maar bijzonder is dat goed pijpwerk uit latere tijden ook in enkele gevallen is gehandhaafd. Zo is het frontpijpwerk van de hand van Hermanus Knipscheer uit 1842 nog steeds te zien.

I Rugpositief CDE-d3
Preftant 8′ Dd
Holpyp 8′
Quint-edeen 8′
Octaaff 4′ Dd
Open Fluyt 4′ Dd
Super-Octaaff 2′ Dd
Suflet 1′ Dd
Sexqui-alter II-III
Mixtuur III-VIII
Scharp III-VIII
Scharp IV D
Trompet 8′

II Hoofdwerk C-d3
Preftant 16′ Dd
Preftant 8′ Dd
Quint-edeen 8′
Octaaff 4′ Dd
Nasaet 3′ Dd
Super-Octaaff 2’Dd
Mixtuur III-VII B/D
Scharp IV-VII B/D
Sexqui-alter III-IV D
Fagot 16′
Trompet 8′

III Bovenwerk C-d3
Preftant 8′ Dd
Baarpyp 8′
Quintadeen 8′
Octaaff 4′ Dd
Holfluyt 4′
Quint 3′ Dd
Tertiaan II-III
Ruyspyp III-VI
Waldfluyt 2′ Dd
Dolceaan 8′
Vox Humana 8′

Pedaal C-d1
Bordon 16′
Preftant 8′
Roer-Quint 6′
Octaaff 4′
Basuyn 16′
Trompet 8′
Trompet 4′

Het koororgel in de Westerkerk is gebouwd in 1963 door D.A. Flentrop. Dit mechanische sleepladen-orgel heeft twaalf registers, verdeeld over twee manualen en pedaal. Het werd gebruikt om de Bach-cantates te begeleiden die onder leiding van Simon C. Jansen met het Westerkerkkoor werden uitgevoerd, tevens om het toen zeer gebrekkige hoofdorgel te kunnen vervangen.

In 2001 werd het orgel hernoemd als Ds. H.A. Visser orgel, de predikant die ervoor gezorgd had dat het orgel in de Westerkerk kwam. In hetzelfde jaar werd het orgel gerestaureerd. Daarbij werd de Quintadeen 8′ van het borstwerk omgebouwd naar een Holpijp 8′ en werden de koperen Subbaspijpen vervangen door orgelmetaal. De tot dan toe onbeschilderde kas van blank eikenhout kreeg, aangepast aan de ruimte, een lichtgroene kleur. De algehele intonatie werd verder geoptimaliseerd.

I Hoofdwerk C-g3
Holpijp 8′
Prestant 4′
Gemshoorn 4′
Octaaf 2′
Sesquialter II D
Mixtuur III-IV

II Borstwerk (zwelbaar) C-g3
Holpijp 8′
Roerfluit 4′
Nachthoorn 2′
Cymbel I-II
Regaal 8′
Tremulant

Pedaal C-d1
Subbas 16′

Werktuigelijke registers
Koppel: II/I, I/P, II/P
Toon hoogte a1 = 440 Hz
Temperatuur: Evenredig zwevend